2007年10月媒體突然出現一些質疑含汞疫苗安全性的文章。其實此事在幾年前就曾被大幅報導過，當年的結論與今年一樣：含汞疫苗沒有安全顧慮。今年台灣市面上的幾種流感疫苗， 只有一種不含汞，推測可能因此被挑起話題。
●含汞流感疫苗爭議的緣起
自從1930年代開始，疫苗大多含有硫柳汞（thimerosal）這種可以殺菌的成分。硫柳汞帶有49.6％無機汞，屬於一種乙基汞。1999年美國疾病管制與預防中心、美國兒科醫學會與美國家庭醫學會等單位開會討論含汞疫苗的安全性，發現雖然汞的安全攝取量有著明文規定，但那是針對環境中常見的甲基，而非疫苗所含的乙基汞，且並無任何科學證據顯示疫苗的汞對人體有害。但是這些權威機構卻同時建議藥廠以後製造疫苗儘量不要使用硫柳汞，而用其他物質取代。這令人十分困惑，一般人不了解為何宣稱安全的物質卻又被建議儘量不用，連醫師們也覺得無所適從。
● 環境中甲基汞的可能危害
疫苗所含乙基汞在人體的排出速度很快，不會在體內累積致病。環境中的甲基汞代謝較慢， 才是真正的威脅。1956年，日本水俁（Minamata）漁村突然出現怪病，不但動物無故死亡，人類也出現各種不明原因的神經疾病，且有病人死亡，當時被稱為水俁病（Minamata disease）。
一直到1968年，日本政府才宣布水病是因汞中毒造成的，污染的源頭來自當地的化學工廠傾倒汞到海灣裡。
之後，大家開始注意環境甲基汞對人類的影響，發現人類可能接觸的含汞物質主要包括魚類、母乳、化妝品、牙科補牙用的amalgams等，其中以魚類的攝取量最為可觀。有些研究顯示，孕婦攝取太多汞可能會影響胎兒日後的神經發育。所以包括美國兒科醫學會在內的相關單位都建議孕婦與幼兒，必須注意不要吃太多含汞食物。
●含汞疫苗的安全性研究
自閉症是一種不明原因的神經系統失調導致的發育障礙，其徵候包括退化的社交與溝通能力、興趣和行為模式。大部份先進國家，都發現自閉症發生率有逐年上升傾向。由於疫苗的使用量也逐年增加，因而有人質疑兩者有因果關。
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